Los destinatarios de la acción del CEP son, por una parte, cinco entidades de cooperación; de las cuales una está terminando su trabajo en el Ecuador:

1. Diakonie - Apoyo en Emergencias, Alemania
2. EED (Servicio de las Iglesias Evangélicas en Alemania para el Desarrollo)
3. ESP - Becas Ecuménicas, Alemania
4. HIVOS, Holanda
5. Pan para el Mundo, Alemania

Y, por otra, aproximadamente 300 organizaciones sociales ecuatorianas y organizaciones no gubernamentales.

Lleva la gestión de un proyecto especial: Fondo Ágil, que cuenta con el apoyo de Pan para el Mundo (Alemania). Para el funcionamiento del Fondo Ágil el CEP promocionó la conformación de la ONG ecuatoriana COFA - Corporación Fondo Ágil, y actúa como Secretaría Técnica de dicho fondo, cuyos apoyos se dirigen a grupos sociales organizados y necesitados que pueden recibir financiamientos para sus planes de trabajo (ver información disponible en esta página web).