Los destinatarios de la acción del CEP son, por una parte, nueve entidades de cooperación:

1. Desarrollo y Paz, Canadá
2. Deutsche Welthungerhilfe - Agro Acción Alemana
3. Diakonie - Apoyo en Emergencias, Alemania
4. EED (Servicio de las Iglesias Evangélicas en Alemania para el Desarrollo)
5. ESP - Becas Ecuménicas, Alemania
6. HIVOS, Holanda
7. ICCO, Holanda
8. IICD, Holanda
9. Pan para el Mundo, Alemania

Y, por otra, aproximadamente 200 organizaciones sociales ecuatorianas y organizaciones no gubernamentales.

Lleva la gestión de un proyecto especial: Fondo Ágil, que cuenta con el apoyo de Pan para el Mundo (Alemania) e ICCO (Holanda). Para el funcionamiento del Fondo Ágil el CEP promocionó la conformación de la ONG ecuatoriana COFA - Corporación Fondo Ágil, y actúa como Secretaría Técnica de dicho fondo, cuyos apoyos se dirigen a grupos sociales organizados y necesitados que pueden recibir financiamientos para sus planes de trabajo (ver información disponible en esta página web).

Además, el CEP es coordinador del Grupo de Trabajo "Cooperación y Desarrollo", integrado por: ACJ, CAAP, CIUDAD, CEPAM-Quito, CESA, FEPP y FURARE. Este grupo de trabajo había encomendado al CEP construir un Observatorio de la Cooperación al Desarrollo en el Ecuador. El CEP editó 8 boletines impresos y electrónicos. A partir de mayo de 2006 el Centro de Investigaciones CIUDAD acoge esta tarea. Más información en la página web www.cooperacion.org.ec